Церковь создавалась 15 лет греческими зодчими и иконописцами и была освящена в 1089 году митрополитом Иоанном. В росписи также участвовал преподобный Алипий, который считается родоначальником особенного, отличного от греческого, иконописного искусства. В 1091 г. в храме были положены мощи преподобного Феодосия. Преподобный Антоний, согласно его завещанию, был погребен под спудом в Ближних пещерах.

Монахи Киево-Печерской обители и, в первую очередь затворники, отличались нравственностью и подвижничеством. Это привлекало в Лавру образованных и знатных людей. Монастырь стал своеобразной академией православных иерархов. До начала XIII века из числа его иноков в разные пределы Киевской Руси было назначено 50 епископов.

Играя значительную роль в объединении восточнославянских земель, являясь духовным, социальным, культурным и просветительским центром, Печерская обитель пользовалась заслуженной славой не только на Руси, но и в Польше, Армении, Византии, Болгарии и других странах.

Начиная с 40-х годов XIII ст. и до начала XIV в. Киево-Печерская Лавра была свидетельницей татаро-монгольских нашествий, монастырь как и весь Киев, сильно пострадал также в 1399 и 1416 гг.

К концу XVI в., преодолевая различные трудности, связанные с окатоличиванием украинских земель, а также вмешательств во внутреннюю жизнь Лавры короля и магнатов, монастырь, отстраивая храмы и приобретая новые земли, активно возрождается. Уже не имея прежней славы, бывшей в первые века его существования, он остается одним из крупных духовных, просветительских и культурных центров Украины.

Киево-Печерскую Лавру не обходил вниманием ни один из русских государей: Алексей Михайлович и Петр Великий, Екатерина II, Анна Иоанновна, Николай I и Николай II, Александр I, Александр II, Александр III, Павел, Елизавета...

В 1911 году земля обители приняла останки Петра Аркадиевича Столыпина - выдающегося государственного деятеля Российской Империи.

После октябрьского переворота для Лавры начались самые трудные в ее истории времена. Согласно Декрету советского правительства "Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви" все имущество церковных и религиозных обществ было объявлено достоянием народа. Постепенная изоляция церковной общины, вытеснение ее новосозданным музеем завершились к началу 1930 году полной ликвидацией монастыря.

Огромный ущерб архитектурным и историческим ценностям Лавры был нанесен и в годы Великой Отечественной войны. 3 ноября 1941 года был взорван Свято-Успенский собор.

В 1961 году действующий монастырь, возобновившийся на территории Нижней Лавры во время фашистской оккупации в 1941 году, был упразднен, его насельники изгнаны.

В июне 1988 году в связи с празднованием 1000-летнего юбилея Крещения Киевской Руси и согласно постановлению Совета Министров УССР новосозданной печерской общине была передана территория Дальних пещер со всеми наземными строениями и пещерами; в 1990 году передана территория Ближних пещер